菌落數的計算通常採用平板計數法，其基本步驟如下：
將待檢樣品接種到平板上，在特定的條件下（如需氧情況、營養條件、pH值、培養溫度和時間等）進行培養。
培養一定時間後，計數平板上生長出的菌落個數。
根據樣品的稀釋倍數和接種體積，計算每毫升或每克樣品中的菌落形成單位（CFU），以此來表示樣品中的細菌密度。
例如，如果在1毫升尿液中，使用1微升接種環接種後，菌落計數爲N，則每毫升尿液中的菌落數可以通過以下公式計算：菌落數（CFU/毫升）= (N × 接種環的體積（毫升）) × 稀釋倍數。
此外，對於空氣中的細菌計數，可以使用平皿沉降法，其計算公式爲：細菌數（CFU/立方米）= (N × 平板面積（cm²）× 平板暴露時間（分鐘）) / 100 / 稀釋倍數。
需要注意的是，菌落計數不僅限於尿液或空氣樣本，也廣泛應用於食品、水樣等其他樣本的微生物檢測。