蒙古馬頭琴的故事一般有以下兩種說法：
* 有一個年輕人在草原上撿到了一匹受傷的馬，他將馬帶回家治癒後，馬成為了他的坐騎和夥伴。他請工匠用馬頭製作了一把琴，這把琴成了他的心愛之物，而那匹馬也因年老死去而長眠地下。為了紀念這匹馬，這位年輕人創作了一首美妙的樂曲，這就是馬頭琴的由來。
* 草原上有一個年輕的遊牧民族英雄，他為了保護族人抵抗敵人，帶著弓箭和長矛衝鋒陷陣。雖然他身上多處受傷，卻仍然勇猛殺敵，最終成功擊敗敵人。為了紀念這位英雄，人們用他的戰馬製作了一件馬頭琴，這把琴成為英雄的象徵和草原上最珍貴的樂器。
以上兩種故事都是為了表達蒙古人對馬的熱愛和尊敬，馬在蒙古文化中占有重要地位。