蕎麥麵的保存方法取決於是否已煮熟。對於未煮熟的蕎麥麵，應將其儲存在乾燥、陰涼的地方，避免陽光直射和潮濕環境，以延長保質期並保持最佳品質和口感。為了保持良好的通風，防止受潮以及減少蟲鼠的污染，可以將蕎麥麵放入保鮮袋中密封後保存。
對於已煮熟但未吃完的蕎麥麵，不應放入冰櫃，而應該放在涼水裡，連同盆子一起放入冰櫃保存。如果需要再次食用，可以將蕎麥麵從冰櫃中取出，用熱水沖洗一下即可。
另外，如果短期內無法食用完自磨的蕎麥麵，可以考慮將其放入冰櫃冷凍儲存。冷凍儲存的蕎麥麵在解凍後仍然可以保持其原有的口感。需要注意的是，一旦蕎麥米磨成蕎麥麵，應儘快食用，尤其是在高溫季節，因為高溫容易導致蕎麥麵變苦。