區分藍寶鸚鵡魚的公母可以通過以下幾個特徵：
體型。公魚的體型通常大於母魚，且更偏向長方形，公魚的背鰭和臀鰭可能尖長，有時能超過尾鰭，而母魚的背鰭和臀鰭一般不超過尾鰭。
顏色。公魚體色較紅，而母魚體色相對較淡，有時容易變白。
性格。公魚通常更加活潑好鬥，且在繁殖季節可能會出現頭部隆起的現象，母魚雖然偶爾也會打架，但頻率不如公魚高。
生殖器官。公魚的生殖孔部位平滑，突出部分較小，腹部通常平滑，而母魚的生殖孔部位突出較大，腹部可能微微膨脹，尤其在接近產卵期時更爲明顯。
需要注意的是，這些特徵可能因不同品種的藍寶鸚鵡魚而有所差異，因此在鑑別時最好能參考同品種的魚進行比較。