藥師佛呈現藍色的原因主要有以下幾點：
象徵藥師佛的法身光明。藥師佛的身色並非普通的藍色，而是與天空顏色相同的天藍色，在藏傳佛教中，天空一直象徵著光明，代表著驅除一切黑暗和邪魅的力量，因此，藥師佛的藍色象徵著他的法身光明，對眾生有著重要的導向作用。
代表健康和長壽。藥師佛的全稱是「藥師琉璃光王如來」，在古代，琉璃主要是藍色的，因此藥師佛的佛光和法身被自然地視為藍色光，在文化上，藍色也象徵著穩定和穩固，表示藥師佛能夠穩固地消除眾生的疾病和痛苦。
代表平息和消除的力量。藥師佛的藍色還象徵著平息和消除的力量，每種顏色都可能發生變化，而天空的藍色是一種不變的色彩，這表示藥師佛消除所有眾生的疾病和痛苦的能力是穩固和永恆的。
代表藥師佛的十二大願。藥師佛的十二大願中第二願是「願我來世得菩提時，身如琉璃」，這裡的琉璃色也是藍色，這進一步強調了藍色與藥師佛之間的聯繫。