蛋白質的結構是一箇多層次的概念，主要包括以下五個層次：
一級結構：這是蛋白質的基本結構，指的是多肽鏈中從N端到C端的氨基酸殘基的種類、數量和順序。一級結構是通過肽鍵和二硫鍵來維持的。
二級結構：指的是蛋白質分子中某一段肽鏈的局部空間結構，包括α-螺旋、β-片層、β-轉角、無規則捲曲等。這些結構是通過氫鍵和其他化學鍵來維持的。
三級結構：是指整條多肽鏈中所有氨基酸殘基的相對空間位置，即肽鏈上所有原子的相對空間位置。三級結構是在二級結構的基礎上進一步盤繞、摺疊形成的，主要通過疏水相互作用、氫鍵、範德華力和鹽鍵（離子鍵）來維持。
四級結構：涉及多亞基蛋白質的三維結構，即具有三級結構的多肽（亞基）以適當方式聚合所呈現的三維結構。四級結構是通過亞基間的離子鍵、氫鍵、疏水力和範德華力等相互作用形成的。
蛋白質是由這五個層次的結構層層疊加而成的，每個層次都對蛋白質的整體功能和結構起着至關重要的作用。