蜥臀目和鳥臀目的主要區別在於它們的腰帶結構、骨盆形狀、以及腿骨和股骨的排列方式。以下是詳細介紹：
腰帶結構。蜥臀目的腰帶從側面看是三射形，恥骨在腸骨下方向前延伸，坐骨則向後伸，這樣的結構與蜥蜴相似；鳥臀目的腰帶，腸骨前後都大大擴張，恥骨前側有一個大的前恥骨突，伸在腸骨的下方，後側更是大大延伸與坐骨平行伸向腸骨前下方，因此，骨盆從側面看是四射型。
骨盆形狀。蜥臀目的骨盆結構比較接近早期的祖先，恥骨朝前；鳥臀目的骨盆結構類似鳥類，恥骨朝向後方。
腿骨和股骨的排列方式。蜥臀目的坐骨面向下方並朝著後方，以及向下朝向頭部的恥骨；鳥臀目的坐骨和恥骨有著不同的排列方式。
此外，蜥臀目和鳥臀目的區別還體現在它們的其他身體特徵上，例如，蜥臀目包括獸腳亞目（Theropoda）與蜥腳亞目（Sauropoda），其中獸腳亞目包含了所有的肉食性恐龍；而蜥腳亞目則是體型龐大的草食性動物演化支。鳥臀目則包含多樣性的草食性動物。