行政機關和行政主體是兩個不同的概念，不能簡單地等同起來。以下是兩者之間的主要區別：
行政主體是指行政組織在行政關係中的一種地位，它是在行政機關參與行政管理關係時才具有的。並非所有行政機關都能成爲行政主體，只有具備特定條件的行政機關才能成爲行政主體，例如，一些政府機構可能僅僅是行政機關，但不一定具備成爲行政主體的條件，如一些僅負責內部管理事務的辦事機構或協調性機構，它們不對外行使職權，因此不具有行政主體資格。
行政機關在法律上可以具有雙重身份，即作爲民事主體和行政主體，在購買辦公用品等民事活動中，行政機關以民事主體的身份參與；而在進行行政管理活動時，如作出行政處罰等，則以行政主體的身份參與。
並非行政機關在所有情況下都能成爲行政主體，在行政法上，行政主體是指以行政職權的享有者身份出現的組織，而行政職權主要是由行政機關享有，但並非只有行政機關才能享有行政權，在某些情況下，一些非行政機關的社會團體也可能因法律、法規的授權而取得行政法上的行政主體地位。