《變形金剛2》的故事發生在美國佛羅里達州的一處新地點，該地點與原來的五角大樓發現在華盛頓特區的"頭號秘密"的地點類似，仍然是描述在地球受到新威脅時，變形金剛與反派汽車人將展開對戰，正義的汽車人以及勇敢的人類將面臨前所未有的挑戰。
《變形金剛2》的主要情節是，美軍發現了一個隱藏在地球上的能量晶體，這個晶體能夠提供巨大的能量，而這個能量晶體周圍出現了變形金剛的影子。之後，美國政府通過各種方式與變形金剛聯繫，希望他們能夠幫助人類對抗即將到來的破壞者。同時，一些狂派成員試圖抓住塞伯坦的變形金剛成員，以便獲得巨大的能源和機器人士兵的幫助。最終，擎天柱帶領著他的隊伍成功地擊敗了威震天和狂派成員，保護了塞伯坦和地球的和平。