《賽德克巴萊》的故事背景設定在從屬日本殖民統治的台灣。影片描繪了居住在台灣的賽德克族人為了抵抗日本侵略者而進行的一場戰爭，同時也展示了賽德克族的文化和信仰。
故事的主角是一位名叫莫那·魯道（Mora Ludu）的賽德克勇士，他領袖族人抵抗日本侵略者，並在戰斗中經歷了多次激戰。影片還描述了莫那·魯道與自己的戰友之間的關係，以及他與族中女性的情感糾葛。
此外，《賽德克巴萊》還反映出了人性的多面性，人們在面對生死、信仰和愛情時的不同態度。故事中還穿插了一些歷史事件和傳奇故事，使得整部電影更具歷史厚重感。
這部電影強調了台灣原住民的歷史和文化，同時也批判了日本殖民者的暴行。影片還展示了一種堅強不屈的精神，以及在困難面前尋求自我救贖的勇氣。因此，《賽德克巴萊》被認為是一部具有深刻內涵和人文價值的電影作品。