進擊的巨人地下室的祕密涉及到巨人的起源和牆外的世界，揭示了這個世界的真相。在地下室中，主角們發現了三本古老的書，其中一本書中藏有艾倫父親格里沙·耶格爾留下的照片。這張照片展示了格里沙、他的妻子以及艾倫同父異母的哥哥猿巨人吉克，照片背面寫着“我來自牆外生活美好的牆外世界”，表明牆外的人類並沒有滅亡。這本書記錄了格里沙帶着妹妹看飛艇發生的悲劇，以及他如何奪取始祖巨人之力來到牆內。由於格里沙生命垂危，他將進擊的巨人和始祖巨人兩大巨人之力傳給了艾倫，使得艾倫擁有了這兩大巨人的力量。
艾倫的父親格里沙是一名醫生，也是帕拉蒂島牆外人類的成員，曾加入艾爾迪亞復權派反抗馬萊，知曉巨人的所有祕密，並將這些祕密鎖在自己的地下室中，唯一的線索就是交給艾倫的鑰匙。地下室的設計看起來像一箇普通的醫生辦公室，實際上是格里沙爲了迷惑憲兵團而製造的假象。最終，三笠回憶起與艾倫父親的對話，發現了一箇有鑰匙孔的櫃子，艾倫用鑰匙打開後發現櫃子是空的，但兵長認出櫃子的夾層，發現了三本書。在這些書中，格里沙的自傳講述了他的經歷和他來自的自由國家，以及他與妹妹的故事，這些經歷最終揭示了世界的真相。