《遊戲王》咒法機臺故事是關於遊戲王武藤遊作和他的對手使用咒術而展開的奇幻冒險故事。遊作面對新卡池「咒法機台」裡面的暗印卡（秘儀之力），會因為寄宿了超越人之咒力，而且有可能為獨特的機能或設定。玩家可以在這個新模式中尋找「卡片的訊息」，玩家透過戰鬥並試圖了解卡片與規則。在遊戲中，遊作需要將與現代卡牌遊戲相關的歷史和卡牌內容等融合進自己的故事裡，進一步深化劇情，而「咒法機台」是遊作的重要關鍵。
遊作需要結合自己對卡牌遊戲的理論和現實世界中得到的信息，解開這個關鍵，以找到解放真正「王牌」的答案。而與其相關的敵人將面對新機台模式的挑戰，需要進行不斷試驗和反試驗，進而找到適合自己的打法。
這是一個奇幻冒險的故事，玩家可以參與其中，尋找自己的「王牌」。