運輸發票的入賬方式主要取決於運費的相關性和企業的具體會計政策。通常情況下，運費可能計入銷售費用、管理費用、材料採購或存貨成本等。具體來說：
如果運費是由銷售方公司負擔，且發票開給銷售方，則通常計入銷售費用。會計分錄為：借「銷售費用」，應交稅費—應交增值稅(進項稅)；貸「銀行存款」或「應付賬款」等。
如果運費是由購貨方承擔，則可能計入應收賬款或直接作為收入處理。會計分錄為：借「應收賬款」；貸「主營業務收入」或「其他業務收入」，應交稅費—應交增值稅(銷項稅)。
如果運費是由購貨方負責且費用也是購貨方負責，則銷售方不做會計處理。
如果運費是與採購存貨相關的費用，則應計入存貨成本。會計分錄為：借「原材料」等；貸「銀行存款」。
如果運費是與企業的日常運營或管理活動相關，則可能計入管理費用。會計分錄為：借「管理費用」等（根據費用歸屬部門計入相關科目）；貸「銀行存款」或「應付賬款」。
需要注意的是，具體的會計處理還需根據企業的具體情況和會計準則進行判斷和調整。