邱姓的起源較為複雜，涉及多個來源和歷史變遷，主要可以歸納為以下幾點：
出自姜姓。西周初年，姜太公（姜尚）因輔佐武王滅商有功，被封於齊，建齊國，都城設在營丘（今山東淄博市東北舊臨淄），其子孫中有以地為姓的，稱為丘氏。
出自姒姓。夏帝少康封其小兒子曲烈於鄫（今河南省柘城縣北），至周靈王時，為莒國所滅，其子孫去邑為曾氏，其後分支中就有以丘為氏。
出自媯姓。春秋時期，陳國（開國君主是胡公滿）有宛丘，邾國（傳為顓頊後裔挾所建，曹姓）有弱丘，居者皆以丘為氏。
出自少數民族改姓。如漢代烏桓族有丘氏。南北朝時，北魏孝文帝遷都洛陽後，鮮卑族的複姓丘林氏、丘敦氏改為漢字單姓丘氏。
清朝雍正皇帝因避諱孔子名諱「丘」，下令將丘一律改為邱姓。
此外，還有一部分源於姬姓，如春秋時期魯國的卿大夫叔梁紇（孔子之父）的後代以邑名「丘」為姓。還有商朝時有一支以丘為名的商族後裔形成了丘姓，其中一部分改為邱姓。
綜合來看，邱姓的起源和發展是一個多源流、多民族融合的過程，涉及古代的姜姓、姒姓、媯姓以及多個少數民族的改姓。