酵素原液的正確食用方法有多種，可以根據不同的需求選擇合適的方式：
早晨空腹飲用。每天早晨空腹時，準備一杯45°C以內的溫水，放入酵素原液攪拌均勻後飲用。
飯前飲用。在午飯或晚飯前半小時服用一包酵素原液，可以幫助提高身體中的營養物質含量。
輕斷食期間飲用。在輕斷食前一天，早餐正常，午餐減半，晚餐不吃。斷食期間，早起後每兩個小時服用50毫升酵素原液，並喝400毫升溫水以恢復腸胃功能。
解酒護肝。在飲酒前後各服用50毫升酵素原液，以減輕酒精對肝臟的負擔。
改善便秘或腹瀉。飯前半小時服用酵素原液，加入250毫升溫水，每日三到四次，可以改善便秘問題。
保持體重。三餐飯前半小時至1小時服用50毫升酵素原液，配合200毫升40度以下溫水，可以幫助控制體重。
外用塗抹。酵素原液也可以用於外用，如塗抹於蚊蟲叮咬、濕疹或臉部，具有消炎美容的效果。
使用酵素原液時，需要注意喝完後多喝水，以幫助酵素分解。