酶催化原理涉及多個方面，包括酶與底物的結合、酶的構象變化、酸鹼催化、共價催化等。具體如下：
酶與底物的結合。酶通過其活性部位與底物結合，這種結合使得底物濃度在酶的活性部位局部區域升高，從而提高了反應速度。酶與底物間的靠近具有一定的取向，有助於反應物分子的有效作用。
酶的構象變化。底物的結合可以誘導酶分子的構象發生變化，這種構象變化對底物產生張力作用，使底物扭曲，有利於化學反應的進行。酶活性中心的構象原來是柔軟而非剛性的，當底物與酶相遇時，可以發生相應的變化，使酶和底物契合形成中間複合物。
酸鹼催化。酶的活性中心含有某些胺基酸殘基的R基團，這些基團作為質子供體或受體，在水溶液中作為酸鹼催化劑，促進許多化學反應的進行。
共價催化作用。某些酶能與底物形成極不穩定的共價結合的ES複合物，這些複合物比無酶存在時更容易進行化學反應。
酶的這些催化機制共同作用，使得酶催化反應可以在較低的活化能下進行，從而大大提高反應速度。