土壤酸化的原因主要包括以下幾點：
過度消耗。隨著農業生產的發展，農作物產量的增加，土壤養分被極大攝取，導致土壤持續消耗，無法恢復養分平衡，引起土壤貧瘠和酸化。
灌溉方式不當。多雨季節雨水沖刷或大水漫灌，加強淋溶作用，導致鈣、鎂等鹼性鹽基流失，是土壤酸化的主要原因。
施肥方式不當。過量施用化肥，特別是氮肥，會導致土壤酸化，還會影響土壤有機質和減弱土壤的緩衝能力。另外，長期施用尿素等化肥也會導致土壤酸化。
工業污染影響。工業廢氣、煤炭、天然氣、石油燃燒及汽車尾氣排放產生的氣體，形成酸雨，對土壤酸化起到一定作用。
此外，還有有機肥和微生物菌肥施用不足。這些因素都會影響微生物的數量和活性，減弱土壤的緩衝能力，加重土壤酸化。