清除黑毛藻的方法有多種，可以根據實際情況選擇合適的方法。以下是幾種有效的方法：
生物處理法。放養以黑毛藻為食的生物，如飛狐、黑客蝦、清道夫、小精靈魚、黑線飛狐、小猴飛狐、青苔鼠、大和藻蝦、黑殼蝦、鮑魚螺和蘋果螺等。這些生物可以有效去除黑毛藻，且對水體無害。
手動清除法。定期更換魚缸水，使用刮藻工具清理魚缸壁、裝飾、過濾器等上的黑毛藻。但這種方法難以清除所有黑毛藻，且可能損傷水草。
使用化學除藻劑。使用專業除藻劑，如戊二醛等，按說明書正確劑量使用。但需注意其對水草和其他生物的影響，並確保最後徹底清洗魚缸。
改善水質。通過調整水質，如增加換水頻率、加強過濾和減少養分供應等，減少黑毛藻的生長條件。
物理除藻法。使用水管或虹吸方式刮除魚缸內的黑毛藻，或使用鋼毛刷等工具清理沉木或石頭上的黑毛藻。此方法需小心操作，避免黑毛藻擴散。
綜合來看，生物處理法和手動清除法較為安全且環保，適合長期控制黑毛藻的生長；化學除藻劑和物理除藻法效果顯著，但使用時需謹慎，以確保不影響魚缸生態平衡。