《隱秘而偉大》的結局是溫暖而感人的，展現了主要角色的成長和變化，以及他們面對困難和挑戰時的堅持和犧牲。以下是幾個主要角色的結局：
男主角顧耀東最終升為科長，並和沈青禾團聚，繼續匡扶正義。顧耀東和沈青禾的愛情也得到了圓滿，沈青禾回來繼續租住顧耀東的房子，兩人終於幸福地在一起。
夏繼成雖然在劇中一度被認為犧牲，但最終神秘現身，仍然活著。他雖然身受重傷，但繼續執行任務，展現了極高的犧牲精神。
趙志勇的角色則較為悲劇，他因為母親的病逝而黑化，但最終為了救顧耀東而犧牲，他的結局既讓人痛心，也讓人看到他在惡勢力的壓迫下依然保持著良知。
其他配角如丁放、齊副局長等也有各自的結局，丁放灑脫地結束了一段感情，遠走他鄉；齊副局長則因貪財而被殺。
整體而言，《隱秘而偉大》的結局在展現主要角色的成長和變化的同時，也深刻反映了那個時代的複雜性和多面性。