電蚊拍的充電方式主要有兩種，一種是帶有USB接口的，可以像手機一樣，使用充電線接入USB充電電源進行充電；另一種是隱藏式直插頭的，需要將電蚊拍手柄末端的隱藏插頭推出，然後插入交流電源進行充電。
充電時，應將電源開關撥到OFF位置，交流插頭完全推出後，直接插入AC110/220V電源插座上。此時，相應的充電指示燈會亮起，表示電蚊拍正在充電，通常充滿電需要約8小時。對於使用鋰電池的電蚊拍，充電時指示燈的顏色會變化，未充滿時燈的顏色是紅色，充滿時燈會變成綠色。
如果電蚊拍長時間不使用，建議每存放三個月內補充電一次，持續8個小時以上，以保證電池的使用壽命。