青椒的採收應該根據辣椒的用途和果實的成熟度來決定。通常情況下，門椒和對椒需要及時採收，之後果實充分膨大、果肉變硬、果實發亮時，就可以採收青椒了。採收時，應在晴天進行，避免中午高溫時段，因爲此時水分蒸發較多，果柄容易脫落。採收用具應清潔無污染，採摘後不得使用任何化學藥劑，辣椒採摘時需用輕質、光滑的籃子和筐盛裝。採收方法採用分層、多次採收，成熟一批，採收一批。採摘時應握住果柄摘下，注意輕拿輕放，避免損傷，並剔除病、蟲、傷果。如果誤摘了未成熟果，應將其堆成約30釐米高進行後熟，紅熟果則不需後熟直接乾製。採摘的果實不宜在田間長時間暴曬。
在辣椒的生長過程中，可以適時、適量採摘頭批青椒以促進植株繼續開花結果。但一般情況下，不宜採摘青椒。辣椒紅熟果採回後，應及時將蟲咬果、爛傷果、細小果以及枝葉選出，分好等級，然後及時晾曬。自然乾製的優點包括利用自然能源、操作技術簡單、產品乾溼度一致、外形美觀、內質不受損失等。但自然乾製的缺點是在晚秋如遇連續陰雨，不易曬乾，會給鮮椒銷售帶來困難。