馬芬蛋糕可以通過不同的方式保存不同的時間長度。以下是幾種保存馬芬蛋糕的方法：
室溫保存。馬芬蛋糕可以在密封的盒子或袋子中在室溫下保存，一般可以保存幾天。
冷藏保存。可以將馬芬蛋糕放入密封的容器或袋子中，然後放入冰箱冷藏，這樣可以保存較長時間，大約1周。如果需要，也可以將蛋糕用乾淨的紙巾覆蓋，噴少許水以保持溼潤，再放入冰箱冷藏。
冷凍保存。爲了長期保存，可以將馬芬蛋糕放入密封的塑料袋中，然後放入冰箱冷凍，這樣可以保存幾個月。
在食用前，如果從冰箱取出，建議讓其回到室溫，或者如果需要，可以通過微波爐加熱5~10秒。需要注意的是，爲了保持蛋糕的品質和風味，應該在蛋糕完全冷卻後再進行密封保存。此外，如果冰箱中存放了其他食物，應注意避免食物的味道影響蛋糕風味。