《魔法禁書目錄》是一部龐大的幻想小說，其故事大綱如下：
1. 故事設定在了一個科學與魔法共存的世界，其中魔法被視為科學研究的禁忌，但仍然在民間存在。
2. 男主角上條當麻是一名普通的高中生，但在某一天突然發現自己擁有了能無視效果直接接觸魔法式的能力。
3. 上條的身邊接二連三地發生不可思議的事件，從而引發了他的好奇心和英雄主義情緒，同時故事中也呈現了他與眾女孩的糾葛。
4. 故事中有一個名為學園都市的組織，由數個頂尖學園都市內的學校組成，擁有強大的科技力量和實驗魔法。
5. 學園都市之外的某個組織“搗蛋鬼”企圖打破學園都市的封鎖並摧毀魔法。
6. 故事的主線圍繞著上條和他的朋友們在阻止“搗蛋鬼”的冒險歷程中揭開自己隱藏在事件背後的身世之謎，逐漸成為影響整個學園都市甚至世界命運的關鍵角色。
7. 同時，作者也在副線中展示了各種各樣人物之間的感情糾葛和家庭生活，增加了故事的豐富性和深度。
總的來說，《魔法禁書目錄》的故事構建了一個獨特而引人入勝的幻想世界，其故事大綱包含著複雜的線索和矛盾，引發了讀者對故事發展的好奇和期待。