《魔笛》是一部由多個故事組成的童話歌劇，講述了王子米力巴爾追求牧羊女帕米娜並經歷種種考驗的故事 。故事梗概如下：
1. 第一幕中，王子米力巴爾因誤會而殺死了自己的哥哥，而哥哥是被黑女巫追殺的牧羊人，因此受到了懲罰。同時，王子誤以為牧羊人就是黑女巫的幻影，將它嚇退，使其逃走。王子後來為了治癒羊群的疾病和安慰受到驚嚇的公主，在城堡上空張貼海報為召集歌手召集志願者。
2. 第二幕中，不少歌手慕名而來，其中達爾達尼央挺身而出為王子演出，拯救被束縛的亞基比托也混在人群中，希望演出完後能向王子表達自己的愛意。然而由於被達蘭達尼央發現而放棄了帕米娜後便離開前往深山苦練樂器並重振了獸群的力量，為了擺脫對帕米娜的痴情愛慕，便與吹牛大王特雷西弗一同進入城堡中並巧遇小丑。最後王子對帕米娜的愛慕者進行篩選，選出最優秀的一個作為王子和公主的婚配。
3. 第三幕中，帕米娜在森林裡為被誤解的羊群和亞基比托而哭泣時，小丑出現並誤導她大笑起來，隨後達蘭達尼央出現向帕米娜表達愛意並被拒絕後離開。而此時的米力巴爾仍然深深愛著帕米娜。然而實際上這些都是達蘭達尼央精心布下的迷宮之陷阱以及陷阱之後的巨魔遊戲以戲弄他心中痴情的愛慕者。當最後的審判即將開始時，從宮廷侍衛的角度去看是三個魔王在追趕一個可憐的姑娘。因此帕米娜被誤解成黑女巫追殺的姑娘並因此而逃入森林。最後帕米娜在老鴿子的指引下找到了王子並說出了真相。
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