治療魚類疾病的方法主要取決於病因，可以採取不同的治療方法：
如果水質有問題，可以通過更換魚缸水、增加過濾器等措施來改善水質；如果感染了病菌，可以使用抗菌藥、抗寄生蟲藥等藥物治療；如果飼料有問題，可以更換飼料或者減少餵食量等措施。
如果是交叉感染，可以通過入缸前新魚用高錳酸鉀泡一下，老缸裏換除1/3以上的水，入缸一箇星期不要投餵來預防，如果出現了交叉感染就下5/1000的鹽跟黃粉。
如果是水黴病，可以用亞甲基藍、孔雀石綠來藥浴，同時升溫加鹽換水。
如果是爛尾爛身，水質不好造成的，可以整缸加黃粉，抑制魚缸裏病菌繁殖擴散，中大型觀賞魚水質引起的爛身可以在保持水質良好的情況下，在腐爛的地方塗黃粉、雲南白藥。
如果頭洞，細菌型的頭洞應該先將洞中的白膿擠出，並用甲硝唑藥粉和維生素C填滿患處，用紅黴素軟膏封口。
在治療期間，保持魚缸環境穩定是非常重要的，應避免水溫、水質等環境因素的波動，以免影響治療效果。同時，病魚需要隔離治療，健康的魚可能不會受到這些疾病的侵襲，通過自己的抵抗力恢復。