鯊魚滅絕的原因並沒有一箇統一的答案，因爲鯊魚種類繁多，每種鯊魚的滅絕原因可能不同。以下是一些可能的解釋：
全球氣溫降低：全球氣溫的降低可能導致海洋中物種的變化，使得大白鯊生活的主要區域內的食物大量減少。由於遠古時期的巨齒鯊無法追逐這些獵物進入海洋的低溫區，種羣數量可能大幅度減少，最終導致滅絕。
體溫過高：巨齒鯊可能是溫血動物，這種特性雖然帶來了捕食的優勢，但也可能使它們隨着周圍世界的變化而容易滅絕。巨齒鯊的整體體溫更高，以及高代謝成本可能是導致它們容易滅絕的原因。
神祕事件：科學家們通過對海底沉積物的研究發現，大約1900萬年前，海洋中的鯊魚種羣遭受了極大打擊，大部分種類滅絕，種羣數量極劇減少。這個事件對鯊魚家族的影響非常嚴重，但至今仍然沒有恢復過來。科學家們認爲這個事件可能與已知的地球氣候重大變化、海洋生態系統變化等事件都不符合。
海洋板塊運動：北美洲和南美洲的連接導致海水循環中斷，可能影響了硅藻的數量和物種多樣性。硅藻是濾食性鯨魚的主要食物，鯨魚的減少可能間接影響了巨齒鯊的食物來源，導致巨齒鯊沒有足夠的食物而滅絕。
需要注意的是，這些解釋都是基於科學研究和推測，並沒有確鑿的證據來證明哪一種解釋是絕對正確的。鯊魚的滅絕可能是由多種因素共同作用的結果。