麥哲倫的死因是在菲律賓羣島的麥克坦島上遭到土著居民的攻擊。根據歷史記載，1521年4月27日，麥哲倫帶領四十多名船員登岸征服當地地區，但遭到了土著居民的激烈抵抗。在戰鬥中，麥哲倫被土著人用箭射中，隨後在混亂中被亂刀砍死。