黑芝麻和白芝麻主要在顏色、營養成分、用途、功效和藥用價值等方面有所區別。具體如下：
顏色不同。黑芝麻是黑色的，而白芝麻是白色的。
營養成分不同。黑芝麻的脂肪和蛋白質含量高於白芝麻，同時也含有糖類、維生素E、鐵和鈣等營養物質，而白芝麻則含有更高量的芝麻素和維生素E。
用途不同。黑芝麻通常用作食物的輔料或是製作補品，而白芝麻因其高含油量，常被用來榨油或製作香油。
功效不同。黑芝麻具有補腎、益肝、潤腸通便、延緩衰老的作用，同時對慢性神經炎、末梢神經麻痹、高血壓等疾病有一定治療作用；白芝麻則具有補中氣、和血脈、利腸胃的作用，還含有調節膽固醇的物質，對皮膚健康有益。
藥用價值不同。黑芝麻的藥用價值較高，常用於治療肝腎精血不足所致的頭暈耳鳴、腰腳痿軟等症狀；白芝麻則主要用於治療中風汗出、積血風毒腫、逐水利小便等症狀。