《黑超特警組3》的故事主要圍繞著國際犯罪組織黑手黨展開，主要講述了在黑超特警組中一個原本普通的小組成員在執行一次任務時意外發現了一個涉及黑手黨的驚天陰謀，他們為了阻止黑手黨，保護世界的和平，勇敢地挺身而出，與同伴們一起展開了一場驚心動魄的冒險之旅。
這個故事中，國際犯罪組織黑手黨成為了一個主要的反派角色，他們在暗地裡進行著一系列的陰謀和行動，試圖破壞世界的和平與穩定。黑超特警組作為維護世界和平的重要力量，需要在不斷應對各種複雜危險任務的過程中，與黑手黨展開一場驚心動魄的較量。
在故事中，黑超特警組的成員們不僅要面對黑手黨的威脅，還要面對自己內心的掙扎和成長。他們通過不斷的挑戰和歷練，不僅在技術、戰術和心理上都得到了提高，而且也逐漸變得更加成熟和自信。他們逐漸明白到真正的使命不僅是保護世界的安全，更是要守護和平、正義和公正的精神。
最終，黑超特警組的成員們成功地揭露了黑手黨的陰謀，挫敗了他們的計畫，維護了世界的和平與穩定。這個故事傳遞了一個重要的信息：正義終將戰勝邪惡，和平與正義是永恆的主題。同時，故事也強調了團隊合作、信任和支持的重要性，展示了在面對困難和挑戰時，只有團結一心、勇敢前行才能取得勝利。