龍門飛甲的故事背景設定在明朝成化年間，講述了一系列複雜的冒險和衝突。以下是該電影的主要內容：
故事的中心是圍繞俠客趙懷安（由李連杰飾演）和其他流亡劍客，他們因剷除東廠奸臣而聞名。這些行動激怒了西廠督主雨化田（陳坤飾演），導致趙懷安等人被追殺，最終逃亡至龍門客棧。
龍門客棧這個地點在電影中扮演着關鍵角色。它不僅是故事的主要舞臺，也是各種勢力匯聚的焦點。在這裏，趙懷安、雨化田以及其他各路人物，包括風裏刀、凌雁秋等，展開了一系列激烈的衝突和追逐。
電影中還涉及了複雜的情感線和身份交換的元素。例如，凌雁秋（周迅飾演）對趙懷安的深情以及風裏刀與雨化田外貌相似性帶來的混亂，這些都增加了故事的複雜性和觀賞性。
故事的高潮在於趙懷安與雨化田的最終對決，以及隱藏在背後的關於寶藏和復仇的祕密。這些元素共同構成了電影《龍門飛甲》的主要情節。