1998年長江流域特大洪水的原因主要包括氣候異常、暴雨強度大、河湖調蓄能力下降、人為破壞自然環境等。以下是詳細介紹：
氣候異常和暴雨強度大是導致洪水的主要因素。當時，長江流域出現了頻繁、強度大、覆蓋範圍廣、持續時間長的大範圍降雨過程，尤其是6月至8月間。
河湖調蓄能力的下降和人為破壞自然環境也是導致洪水的重要因素。長江上游的森林覆蓋率大幅下降，導致水土流失嚴重，河床抬高，蓄洪能力減弱。此外，中下游地區的圍湖造田和亂占河道也削弱了河流的洩洪能力。
此外，聖嬰現象、高原積雪偏多、西太平洋副熱帶高壓異常以及亞洲中緯度環流異常等因素也影響了氣候模式，加劇了降雨量和洪水的嚴重性。