《生化奇兵》的第一部故事主要圍繞兩個主角，哥倫比亞城中的居民華盛頓·“傑克”·潘佐和一名女性艾莉莎。他們兩人都是在一個被稱為“bioshock”的巨大裝置中生存下來的少數倖存者。這個裝置是19世紀末的移民者為了阻止人們登上美國大陸而建造的，目的是為了阻止大量移民湧入他們的國家。然而，隨著時間的推移，這個裝置開始發生故障，導致各種生物在其中繁殖，包括一種被稱為“哥倫比亞蟲”的生物。
這個故事講述了傑克和艾莉莎在哥倫比亞城中的冒險，他們必須對抗各種威脅，包括其他居民、被稱為“狼人”的武裝警察以及試圖關閉裝置的外部勢力。同時，他們還必須面對自己的過去和彼此之間的複雜關係。
故事的最後，他們成功關閉了裝置，但付出了巨大的代價。艾莉莎被困在裝置中，而傑克則決定留在外面等待她的歸來。最後，他們重新團聚並離開了這個城市，留下了一個未知的未來給那些留在裡面的人。
總的來說，《生化奇兵》的第一部故事是一個充滿動作、冒險和情感的遊戲，它探討了人性、自由、犧牲和家庭等主題。