Black Mesa的故事主要圍繞著一個名為“黑麥草”（Black Mesa）的實驗室及其員工展開。這個實驗室曾經是U.N.R.I.A（聯合研究與調查機構）的一個分支機構，負責研究一種名為“黑麥”（Black Mesa）的神秘物質。然而，在某個實驗中，實驗室發生了一次重大事故，導致實驗室的許多員工和設施被毀，同時也引發了一系列神秘事件和恐怖事件。
故事的主角是一個名叫“麥克”（Mike）的科學家，他曾在黑麥草工作。在事故發生後，他逃脫出來並開始了調查和探索，試圖揭示事故背後的真相和陰謀。故事中還有一些其他的人物和組織，他們也加入了調查和探索的行列，但他們的動機和目的各不相同。
總的來說，Black Mesa的故事是一個充滿神秘、恐怖和懸疑的故事，講述了一個實驗室背後的陰謀和真相。這個故事也涉及到科學、政治、道德和人性等多個主題，給玩家帶來了一個非常刺激和引人入勝的遊戲體驗。