Blue Native PAGE（BN-PAGE）是一種用於分析蛋白質-蛋白質相互作用和膜蛋白質複合物的電泳技術，其原理可以概括如下：
樣品準備：使用溫和的去污劑（如digitonin）從細胞膜中分離蛋白複合體，保持這些複合體在近似天然的狀態。
染色劑使用：考馬斯亮藍G-250用於替代SDS與蛋白結合，從而使蛋白帶上負電荷。這樣，染料-蛋白複合體形成藍色條帶，便於在PAGE膠中觀察。
電泳分離：由於考馬斯亮藍G-250的存在，蛋白都覆蓋上負電荷，使得鹼性蛋白（pI＞7）能夠在電泳中遷移。蛋白的分離基於其分子量的不同，在PAGE膠中得到分離。
解析度和範圍：Blue Native PAGE的分離範圍為100KDa至10MDa，適合於分析分子量較大的蛋白質複合物。
後續分析：在蛋白質複合物得到分離後，可以通過切下第一向的泳道進行第二向SDS-PAGE，以進一步分離各個複合物的亞基。這樣，可以更詳細地研究蛋白質的相互作用和複合物的組成。
Blue Native PAGE相比其他電泳技術，如Clear Native PAGE（CN-PAGE），在解析度和適用範圍上有所不同。BN-PAGE由於考馬斯亮藍G-250的存在，可以分離鹼性蛋白，而CN-PAGE則適合於酸性蛋白的分離。