《命運2》的故事主要圍繞著一場全球性的災難，以及一個名為“守護者”的組織。在這個世界中，玩家扮演的角色是“獵人”，一群抵抗全球災難的探險家，同時也是“守護者”組織的成員，為了保衛地球而戰鬥。
遊戲的主要劇情有兩個主要部分：探索和奮鬥。在探索方面，玩家將跟隨一個名為“迷霧”的新角色，從月球的基地出發，去探索整個太陽系的秘密。在奮鬥方面，玩家將面臨許多威脅地球的敵人，包括掠奪者、黑鴨等等，同時還需要面對由古神和護教軍領導的最終戰役。
此外，《命運2》還通過各種分支任務和彩蛋，為玩家提供了許多隱藏的故事線。這些故事線可能會揭示角色的過去，也可能涉及到遊戲世界的更深層次的秘密。這些故事元素使得《命運2》的故事更加豐富和多元。