《Drakengard 3》的故事主要圍繞三個角色展開：一個是被稱為“劍姬”的神秘少女莉莉婭，她身患不治之症，為了尋找治癒疾病的方法而踏上旅程；另一個是冷酷無情的僱傭兵艾利烏德，他為了尋找治癒妹妹的方法而加入了莉莉婭的隊伍；還有一個是神秘的青年蘭斯洛特，他似乎與莉莉婭有著千絲萬縷的聯繫。
在遊戲中，玩家將體驗到一段跨越不同世界和異域的冒險，遭遇各種事件和敵人。遊戲的主線劇情被分割成許多章節，每個章節都需要做出不同的選擇和決定，以影響後續劇情的發展。
此外，遊戲還包含一些支線任務和角色，玩家可以選擇與他們進行互動，以解鎖新的場景、服裝和對話選擇，進一步豐富遊戲體驗。雖然遊戲包含了一些血腥和暴力場面，以及相對成人化的情節，但整體來說，《Drakengard 3》的故事是一個深度和豐富度都很高的冒險故事。