EM菌液的製作方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
準備工作。需要EM菌種、紅糖、水、塑膠桶或大缸。請注意，不要使用玻璃容器或陶瓷容器，因為發酵過程中會產生氣壓，可能會導致容器破裂。
製作過程。首先，將紅糖用開水溶解後，加入剩餘的水和EM菌種，攪拌均勻後倒入容器中密封發酵。發酵溫度應保持在20~35度，一般7天左右即可完成發酵。在發酵過程中，如果容器內氣壓增大，需要及時開蓋放氣。
使用方法。將製作好的菌液按照1:200~400的比例用水稀釋後，可用於灌根、噴施或發酵農家肥。
除了上述方法外，還有使用淘米水和牛奶進行發酵的方法，這種方法同樣可以製作出含有EM菌的菌液。