EM菌粉的製作方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
準備一個乾淨的塑膠容器（容量大於12公斤），因為需要預留儲存氣體的空間。
將1公斤紅糖倒入容器中（也可以使用白糖，但紅糖效果更佳），再倒入8公斤30到40攝氏度的冷開水。
加入一包EM菌種（500克），簡單攪拌使紅糖溶解。
將容器密封，放在室溫25到40攝氏度的環境下進行培養。
每天開蓋放氣並攪拌1到2次，以促進菌種生長。
在3到10天內完成培養即可使用。如果室溫低於25攝氏度，培養時間會延長。產氣連續2到3天感覺沒有增加或下降時，表示已經完成培養。
在兩個月內使用效果最好，每次取出後一定要密封保存。如果發現塑膠桶脹氣特別嚴重時要放氣，放氣時注意安全，防止桶蓋沖開擊傷人等情況發生。
請注意，以上步驟僅供參考，具體步驟和所需材料可能因EM菌種的品牌或類型而異。在開始之前，請仔細閱讀所購買EM菌種的具體指導說明。