FAT32檔案系統的最大卷大小可以達到8TB，這是在具有4KB扇區和64KB簇的硬碟上的實際大小限制。然而，Microsoft為了兼容性考慮，手動設定了FAT32檔案系統的最大格式化大小為32GB。在Windows 2000和Windows XP環境下，格式化程式只能創建最大32GB的FAT32檔案系統。但是，使用特定的分區軟體，如PQ，可以分出大於32GB的FAT32分區，這樣的分區在Windows 2000/XP下使用也是完全正常的。
此外，FAT32支持的最大單檔案大小可以達到4GB，而FAT16的最大單檔案大小則被限制在2GB以內。