FCS檔案格式是在1984年創建的，目的是為了標準化流式細胞術列表模式數據檔案。所有流式細胞術數據檔案都使用「.fcs」作為檔案擴展名，這樣它們可以被任何流式細胞術分析程式讀取。目前，FCS檔案的標準版本是FCS 3.1。