FFU（Fan Filter Unit，風機濾器單元）的工作原理主要分為三個步驟，空氣吸入、空氣過濾和空氣排放。具體如下：
空氣吸入。FFU內部的風機（電機加葉輪）啟動並運轉，產生吸力，將空氣吸入設備內部。
空氣過濾。吸入的空氣首先通過初效過濾器，這個過濾器主要針對較大的顆粒，如塵埃和微粒，進行初步過濾。接下來，空氣通過高效過濾器（HEPA）或超高效過濾器（ULPA），這些過濾器設計精密，能夠過濾出0.3微米以上的顆粒物，對於HEPA過濾器，過濾效率為99.97%，而對於ULPA過濾器，過濾效率可達到99.999%，這一步驟是FFU的關鍵部分，有效地去除空氣中的塵埃、細菌等顆粒物。
空氣排放。經過高效過濾的空氣，通過FFU的出風口被重新排放到環境中，完成空氣的淨化過程。
在這個過程中，FFU通過連續運轉不斷循環淨化室內空氣，保持室內環境的潔淨度。這種設備在潔淨室、實驗室、製藥工廠、電子廠等對空氣潔淨度要求較高的場所得到廣泛套用。