FPKM(Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments)是基因表達分析中常用的一箇指標，用於衡量每百萬個映射的reads中，特定基因每千個鹼基長度的fragments數目。
FPKM考慮了測序深度和基因長度對fragments計數的影響，是一種對read counts進行標準化處理的方法，用於估算基因表達水平。在RNA-seq測序中，當reads來自配對末端(PE)數據時，通常使用FPKM而不是RPKM(Reads Per Kilobase per Million)，因爲FPKM會考慮兩個reads可以映射到同一個片段的情況，而RPKM不會重複計算相同的片段。