《死亡筆記》的故事圍繞著夜神月和夜神準展開。夜神月是一個IQ高達400的高中生，他發現了一個可以支配世界的神奇筆記本，即死亡筆記。他利用死亡筆記的特性，計畫消滅他認為該消滅的人，並開始實現自己的統治世界計畫。
在這個過程中，他遇到了兩位不同的對手，即死亡筆記的拾獲者-夜神準以及尼亞和梅羅，這些人都嘗試阻止他利用死亡筆記將世界轉變為理想國並徹底控制人們思想的過程。 經過一系列驚心動魄的追逐和推理對決，最終夜神月因失去死亡筆記，無法再維持世界平衡而遭到挫敗。
故事展現了人性、欲望、良知和權力的矛盾衝突，以及夜神月對規則和社會的思考。此外，它也表達了只有了解世界運行規則才能統治世界的觀點。在這個故事中，死亡筆記就像是一把雙刃劍，夜神月既可以用來消除敵人和對手，同時也面臨著自身的危險和威脅。故事的主題涉及到正義、道德、權利和生命的意義等深刻問題。