《合金裝備5：幻痛》的故事發生在《合金裝備4》後的五到六年間，MGS4的BOSS“蛇”已經逝去，而整個世界被“陰影”所籠罩，世界並不像表面那么風平浪靜。
故事的主角是Snake（蛇），他正在隱居並試圖解決自己的過去，然而他發現自己身處在一個更大的、全球性的陰謀中。他與同伴和盟友合作，抵抗即將到來的更大威脅。儘管在許多情況下他都是在混亂和被動中保護自己和盟友的，但是隨著故事的發展，玩家將被迫在面臨即將毀滅世界的災難時選擇正確的道路。最終的戰鬥發生在一個人類-機械共生但由“無境之獸”主宰的世界中。
請注意，遊戲的劇情和結局會受到玩家的選擇和行動的影響，因此同一批玩家可能會遇到不同的結局。以上內容僅為概述，具體情節還需玩家在遊戲中探索和體驗。