《合金裝備5：幻痛》的故事分為三個主要部分：
1. 故事從主角Snake被Morgan委託開始，為尋找並解救失蹤的妹妹而進入Kazakhstan，隨著調查的深入，Snake發現了一個名為“The Quiet Dream”的秘密項目，而這個項目與Morgan失蹤有關。
2. 第二部分是遊戲的戰役，Snake深入挖掘並發現了巨大的秘密，那就是一個名為“虛空之島”的全球犯罪組織，他們控制著這個世界的許多黑暗秘密。
3. 第三部分是自由行動部分，玩家可以探索整個島，包括與其他特種部隊戰鬥，建立自己的派系，甚至可以探索島嶼的每一個角落。
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