《尼爾：人工生命》故事中主角與安妮一行人在舞島東側西·米德菲鎮外登船時突然遭到了神秘人物的攻擊，而後便發現了一隻謎之機器人種的喪失生命個體尼埃爾並發現了一串代碼以及隱藏在該遊戲程式里的與人類的克隆、以及使機器人患上數據消減症狀與神經癌的人類的災難和抑制治療、選擇保存世界及本人生命的有關的遊戲計畫後將引發因果報應造成混沌嚴重侵擾的故事就此展開，隨著後續內容中人類的研究擴展遊戲圍繞著七零遊戲故事劇情的發生後機器人種喪失生命體尼埃爾與主角的冒險展開。
《尼爾：自動人形》的故事發生在《尼爾：人工生命》的數年後，主角的“生命”得到了延續，而世界也因為尼爾的介入而發生了翻天覆地的變化。尼爾的“生命”得以延續，但為此付出了失去過往記憶的代價。而他在新的世界裡，以遊戲製作人的身份與艾麗、神秘少女卡斯、塔奇克等夥伴一起冒險的同時，漸漸找回了失卻的記憶。
在遊戲劇情之外，遊戲中也融入了豐富的支線任務，有可以賺取金幣和道具的任務，也有和NPC進行對話完成的故事任務，讓玩家們在遊戲的過程中儘可能感受到遊戲世界的完整度和細膩程度。因此玩家在玩遊戲時不僅可以感受到精彩的故事情節發展，也可以通過自己的參與幫助NPC完成心愿賺取一定的金幣獎勵。同時玩家在遊戲的過程中也需要對不同的機器人種進行角色和武器的選擇，這樣才能更好地完成遊戲的支線任務。 這些支線任務中的細節都需要玩家自己去挖掘。總之在尼爾的遊戲世界裡有很多精彩的收集元素值得玩家去挖掘探索。
同時玩家也可以根據個人興趣和能力對不同的機器人進行選擇性的購買升級。這樣可以根據玩家自身對於機器人的愛好去挑選不同類型的機器人來完成對於各個戰鬥型機器人的遊戲任務的戰鬥效果或者也可以按照一定的規律進行升級和進化，從而獲得更加強大的戰鬥能力。
綜上所述，《尼爾》系列的遊戲故事情節豐富精彩，支線任務細節豐富，同時也融入了收集元素和機器人升級進化等玩法，為玩家們提供了一個充滿挑戰和樂趣的遊戲世界。