TaqMan探針是一種用於基因診斷和個體化藥物分析的寡核苷酸探針。它的核心原理是利用Taq酶的5'→3'外切核酸酶活性。在PCR擴增反應中，除了加入一對引物外，還加入一個特異性的螢光探針。探針的5'端標記有報告基團，而3'端標記有螢光淬滅基團。當探針完整時，報告基團發出的螢光信號被淬滅基團吸收，因此儀器檢測不到信號。
隨著PCR的進行，Taq酶在鏈延伸過程中遇到與模板結合的探針，其5'→3'外切核酸酶活性就會將探針切斷，使報告基團遠離淬滅基團，其能量不被吸收，從而產生螢光信號。因此，每經過一個PCR循環，螢光信號也和目的片段一樣，有一個同步指數增長的過程。信號強度就代表了模板DNA的拷貝數。
TaqMan探針法是一種高度特異性的定量PCR技術，其核心是利用Taq酶的5'→3'外切核酸酶活性，切斷探針，產生螢光信號。由於探針與模板是特異性結合，所以螢光信號的強弱就代表了模板的數量。
此外，還有一種新型TaqMan-MGB探針，它不僅可以進行基因定量分析，還可以分析基因突變（SNP），因此有望成為基因診斷和個體化藥物分析的首選技術平台。