UPGMA算法，全稱Unweighted Pair-Group Method with Average Linkages，是一種用於重建系統發生樹的計算機語言函式。該算法在聚類分析中較為常用，尤其適用於微生物多樣性研究等領域。UPGMA算法的工作原理如下：
初始化：開始時，將每個單獨的OTU（操作分類單位）視為一個獨立的聚類。
聚類過程：
在每一步中，找到距離最近的兩個OTU，並將它們合併成一個新的OTU。
這個新的OTU的分支點位於原來兩個OTU之間距離的一半處。
計算新形成的OTU與其他所有OTU之間的平均距離。
重複過程：重複上述步驟，直到所有OTU聚合成一個單一的聚類，此時得到了一個完整的系統發生樹。
UPGMA算法的特點是簡單易懂，但在處理一些複雜的系統發生問題時可能會存在一定的局限性。它基於最小生成樹的概念，通過逐步合併距離最近的OTU來構建系統發生樹。