《Wing Gundam EW》的故事發生在《機動戰士高達SEED》的數年後，以小小的阿拉伯聯合酋長國為舞台，講述了阿斯蘭·薩拉與基拉·大和之間的故事。阿斯蘭為了尋找大天使號的下落，而離開了PLANT前往地球，在旅途中遇到了公主娜娜，兩人相遇後不久，所羅門宙域出現了謎之Gundam，為了阻止謎之勢力再次引發戰爭，地球聯合特務阿斯蘭與奧布的娜娜一起行動。
此外，該故事還包含三角戀的情節，阿斯蘭和基拉·大和爭奪娜娜的歸屬權。隨著故事的發展，阿斯蘭和基拉最終和解，共同對抗謎之新機動高達。
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