《X戰警：最後決戰（X-Men Apocalypse）》的故事開始於一個X教授的腦電波引發的一系列事件，一個名叫法耶茲的商人被綁架，隨後變種人社區被聯邦調查局闖入，使得變種人們的生活變得混亂不堪。
故事的主要角色們開始尋找法耶茲的下落，並發現了一個由馬克西馬組織（組織頭目是魔形女）領導的政府控制組織的陰謀。他們也開始尋找證據證明自己的無辜，並設法對抗他們的敵人。最終，在韋勒姆粒子工廠，X戰警與新復仇者聯盟合作，阻止了新世界秩序的建立者——天啟的出現。
然而，這個故事也帶來了一些問題。例如，一些變種人角色，如天使和琴·葛蕾（即魔形女）都面臨著重塑或混亂的故事背景，這些問題可能會導致部分觀眾產生困擾。儘管如此，故事的核心還是強調了團結和力量互相尊重的重要性。這有助於加強變種人角色的多元化和複雜性，以及電影中角色之間的關係和衝突。